動機系系友會獎學金
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申請入學第一志願入學後符合成績要求者，提供國際名校交流/交換獎學金；第一志願入學且放榜成績前三名，另有第一年免學雜費獎助 |
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考試分發甲組入學後符合成績要求者，提供四年免學雜費與國際名校交流/交換獎學金。 |
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考試分發乙組第一志願入學後符合成績要求者，提供國際名校交流/交換獎學金。 |
以上獎學金申請均須合乎條件，請查看：
動機系系友獎學金辦法（20180222） 系友獎學金辦法(111學年度入學適用) 系友獎學金辦法(112學年度入學適用)
動機系大學部學生暑期國際交流獎學金
資助本系傑出優秀的學生每年以3名為原則， 暑假時期赴國際著名大學實驗室團隊交流進修。
動機系大學部學生暑期國際交流獎學金實施辦法(20160221) 合約書 申請表 指導教授評量表
工學院大立光電工讀助學金
大學部學生名額5名(動機系至少2名)，每名每月1.2萬元助學金，含勞保費用，每年逐月核發12個月，每名最高不超過27個月。
工學院大立光電工讀助學金設置辦法(1120906) 申請方式及申請表請另查詢工學院網頁公告
動機系李昭仁劉惠麗伉儷研究生獎學金
碩士班甄試成績為各組最高分，並正式進入本系就讀，每名提供獎學金壹萬元整，每年原則上各組核發一名。
動機系李昭仁劉惠麗伉儷研究生獎學金(20160728)
動機系廖振興先生暨系友清寒獎學金
家境清寒並符合成績要求，每名五萬元。
動機系系友清寒獎學金辦法 (20140529) 申請表格
動機系汪積昌教授紀念獎學金
每名每學年新台幣三萬元整。
動機系汪積昌教授紀念獎學金(20130425) 申請表格
動機系林雍先生清寒獎學金
每名5萬元。
動機系林雍先生清寒獎學金辦法(20180426） 申請表格
動機系李再燈先生暨沈寶蓮女士伉儷清寒獎學金
每名5萬元。
動機系李再燈先生暨沈寶蓮女士伉儷清寒獎學金辦法(20130530）申請表格
動機系蔡金煌先生暨蔡嚴秋蓮女士伉儷急難扶助
本系學生在校期間發生傷疾扶助、生活扶助、或其他偶發事件，得申請急難扶助。 核發名額視當年度申請人數而定。原則上每名核發金額不超過新台幣五萬元， 每年核發總金額不超過新台幣十萬元。
動機系蔡金煌先生暨蔡嚴秋蓮女士伉儷急難扶助辦法(20160114) 申請表
動機系PME86級清寒獎學金
原則上每學期一名，上下學期共兩名，每名核發金額新台幣五萬元，每年核發總金額不超過新台幣十萬元。
動機系PME86級清寒獎學金(20160526) 申請表
動機系研究生獎助學金
動機系研究生獎助學金辦法(20210722)
動機系國雄急難扶助金
本系學生在校期間發生傷疾扶助、生活扶助、或其他偶發事件，得申請急難扶助。核發名額視當年度申請人數而定。原則上每名核發金額不超過新台幣五萬元， 每年核發總金額不超過新台幣十萬元。
國立清華大學書卷獎
各學系各年級學生名次列於該學系該班人數前百分之五內（無條件進位），且該學期學業成績全部及格，操行成績 A-以上者，給予獎學金新臺幣貳仟元及獎狀乙張以茲鼓勵。
國立清華大學學生海外學習獎學金
每名補助新台幣15,000-20,000/月（限定特定國家，補助金額及地區依當年度公告為主）
國立清華大學出國交換生獎學金
每名補助新台幣15,000/月（一般地區）
每名補助新台幣20,000-30,000/月（鼓勵學生前往具特色非熱門之特定國家，補助金額及地區依當年度公告為主）
清華大學各項校內外獎學金
各項校內外獎學金請前往學務處生輔組網站。